自建郵件的缺陷首要體現在以下方面：
自建郵件服務器體系費用比外包郵局費用高；自建郵件服務器體系質量低；自建體系維護工作量大，風險高。
和自建郵件體系的企業不同，相似網易這樣的專業大型郵件服務提供商，卻能夠與其他國際聞名郵件服務提供商之間樹立強壯的反垃圾、防偽造數據庫，來反制猖獗的垃圾郵件問題。白名單與黑名單，也是常用的手段之一，所謂白名單是各家大型郵件服務提供商相互信賴確保郵件收發疏通的敲門磚，而黑名單，則是封鎖垃圾郵件源頭的依據。
自建郵件體系由于本身約束，不只本身垃圾郵件防護能力與擁有20多年運維經歷的網易郵箱不可同日而語，乃至可能遭受全球郵件服務提供商防御體系的誤殺。依據國際反垃圾郵件組織的一項研討發現，在大多數自建企業郵箱體系中，體系資源在 92% 的時刻中都在轉發來自僵尸網絡的垃圾郵件。這不只容易導致自建郵箱企業本身的郵件收發網絡擁塞，影響企業辦公效率，同時被垃圾郵件黑名單封殺也是常有的工作。盡管包含 Postfix 等在內的 MAT 軟件都推出了 DNS 是非名單或者相似的替代功用，但是作為互聯網國際的一個孤立節點，自建企業郵箱體系，很難經過這些功用來保護本身的郵件體系，充沛發揮這些功用的效果。
事實上，無論從成本安全，仍是數據安全來考量，相關于越來越成熟完善的外包式企業郵箱服務，自建企業郵箱都是件有點吃力不討好的工作。關于企業郵箱挑選自建仍是外包，假如一些親身經歷過自建體系困難的管理人員，具有更充沛的發言權，企業可能徹底會是另一種挑選。不過如今似乎越來越多的企業管理者開始認識到了這一點，在國內市場上，相似網易等出色的大型企業郵箱服務提供商，正在越來越多的占據本來歸于自建郵箱的市場。自建企業郵箱管理員的血淚史，似乎也能夠漸漸畫上句號了。
